豆株茎上形成的菌核呈圆柱形、鼠粪状或不规则形，以落在土壤里和混在种子间的菌核越冬。越冬后的菌核在适宜条件下产生子囊盘和子囊孢子，成为田间初侵染源。菌核遗留在土中或混杂在种子中越冬或越夏。混在种子中的菌核随播种带病种子进入田间传播蔓延。该病属分生孢子气传病害类型，其特点是以气传的分生孢子从寄生的花和衰老叶片侵入，以分生孢子和健株接触进行再侵染。侵入后，长出白色菌丝。在田间带菌落在健叶或茎上经菌丝接触，易引起发病，并以这种方式进行重复侵染。黑豆菌核病主要浸染茎秆，7月下旬开始发病。浸染初期茎秆上有褐色病斑，以后病斑上有白色棉絮状菌丝体及白色颗粒，后变黑色颗粒(菌核)。纵剖病株茎秆，可见黑色圆柱形老鼠屎样的菌核，病株枯死后呈灰白色。高温高湿条件下发病重。