番茄畸形果是指番茄果实膨大后出现桃形、瘤形、歪扭、尖顶、凹顶等。引起番茄畸形果的原因主要有：
1.番茄在持续低温，氮肥、水分及光照充足的条件下使养分过分集中地运送到正在分化的花芽中，花芽细胞分裂过旺，心皮数增多，开花后心皮发育不平衡而形成多心室畸形果。
2.花期使用生长素浓度过高，而果实发育养分供应不足；或点花(喷花)后花朵尖端残留多余激素水滴，使果实不同部位发育不匀，引起子房畸形发育。
3.水肥管理跟不上，缺硼、钙元素会加剧果实畸形病的发生。
4.苗期花芽分化阶段长期处于低温条件下(8-13℃)生长，会使生长点的花芽畸形，开花后果实发育不均，容易产生多心皮的子房而形成畸形果，这种畸形果多出现在第一穗花的第1-2个花朵上。
5.蘸花或喷花时植物生长调节剂使用浓度偏高，或对未开放的小花蕾蘸花，容易使果实不同部位发育不均匀，这时如水肥不足，会加剧畸形果的形成。
6.苗期土壤过干、过湿或营养过剩及开花结果期追肥浇水过多，西红柿的茎叶生长过旺等，也易产生畸形果。
7.温度不合适。在西红柿花芽分化期温度过高过低，都会影响到西红柿正常的花芽分化，一旦前期花芽分化不好，后期就会导致畸形果出现。
8.养分失衡。西红柿生长发育需要多种养分，如果缺乏某些养分时，也会造成其果实畸形，尤其是中微量元素的缺乏，比如缺钙、缺硼等容易造成畸形花、畸形果。
9.光照不足、苗龄过长、应用了畸形果发生率高的品种等因素也会引起番茄畸形果。
