玉米丝黑穗病是一种真菌性病害，病原为孢堆黑粉菌。该病是系统性传染病害，1年只侵染1次。病菌以厚垣孢子（黑粉）在种子、土壤、病残体及粪肥中越冬，厚垣孢子可在土中存活2～3年。春季玉米播种发芽后，越冬的厚垣孢子也随之萌发，从玉米的白尖期至4叶期都可侵入并进入生长点，随玉米植株的生长发育而系统扩展，并进入花芽和穗部，最后在雌、雄穗上表现症状，产生大量黑粉。
在种植感病寄主和土壤有足够菌量时，播种后至幼苗4－5叶期土壤的温湿度成为病菌侵染多少的决定因素，因此春播、早播、土壤偏干和冷凉山区发病重。品种抗性有明显差异，长期连作感病品种，由于增加土壤菌量，可加重病害的流行。
玉米播种至出苗期间的土壤温、湿度与发病关系极为密切。土壤温度在15～30℃范围内都利于病菌侵入，以25℃为适宜。土壤湿度过高或过低都不利于病菌侵入，在20%的湿度条件下发病率最高。另外，海拔越高、播种过深、种子生活力弱的情况下发病较重。侵染温限15～35℃，适宜侵染温度20～30℃，25℃最适。土壤含水量低于12%或高于29%不利其发病。
玉米黑穗病发生于玉米品种抗性、种植条件、气象因素、菌源数量等密切相关。尤其在前期高温干旱、后期高湿、干湿交替的气候条件利于病害的发生，尤其在抽穗期前后发病率较高。其次如果种植易感病的品种也会引起大面积发病，根据生产经验发现甜玉米易感性比马齿形玉米高，晚熟品种比早熟易感性高，耐旱品种比不耐旱品种的抗病力强。再者种植制度与发病程度也有密切的关系，如套种玉米播种期早，和小麦共生期长，幼苗生长状况较弱，不抗病，如果同时存在昆虫危害，极易染病，管理粗放、种植密度较大、施肥单一、连茬种植、土壤有机质少等因素均可增加玉米感染病菌的机会，反之，湿润多雨、土壤肥沃、易保水保肥、排灌方便的土地里病菌的孢子存活质量低、发病较轻。
在玉米3叶期以前，土壤温度21～28℃，湿度在中度偏旱时最有利于病菌侵入。4～5叶期以后再无侵染。当种子发芽时，病菌也萌发，侵染幼苗，随植株的生长，最后破坏穗部，成为黑粉。连作地、耕作粗放、覆土过厚、土壤干燥都有利于侵染发病。
