番茄软腐病主要侵染茎和果实。茎发病多出现在生长期,近地面茎部先出现水渍状污绿色斑块,继扩大的圆形或不规则形褐斑,斑周显浅色窄晕环,病部微隆起。果实感病主要在成熟期,初期病斑为圆形褪绿小白点,继变为污褐色斑。随果实着色,成熟度增加及细菌繁殖为害,果皮病斑渐扩展到全果,但外皮仍保持完整,内部果肉腐烂水溶,恶臭,被盛于皮囊中,故称囊腐。茎秆发病主要发生在棚室中,植株中、下部的茎杆、枝条上,病茎部灰褐色、长条形斑,表皮湿腐,微束完整无损,髓部呈褐色,腐烂,有异味,病株萎蔫死亡。果实发病病部组织软化腐烂,发展迅速,常扩及半个果实至整个果实。最后病果整个果肉腐烂成浆,只外边一层果皮兜着,丧失果形。腐汁具有臭味。