芹菜要适时收获，过早收获不能高产；过晚收获，养分向根部转移，使叶柄质地变粗，甚至出现空心，影响产量，降低品质。抽薹较慢的品种，收获期较长。如果温度条件较好的温室，芹菜花芽分化较晚，可适当延长收获。具体时间应根据市场需求和植株长势决定。采收方法，在短缩茎下边下刀，将整株割下，削去根部及黄叶、病叶，甚至上部叶片，顺序装箱。割芹菜以不散叶为标准。
芹菜的采收期不严格，可根据长相和市场需要陆续采收上市，采收越早产量越低，最外层叶出现衰老迹象时为最迟采收时间。芹菜可一次性采收，也可多次采收。多次采收分为隔行采收（未收获的植株可继续生长）和劈叶采收两种。劈叶采收，一般在定植后60天、叶柄长约40厘米时，每株保留2～3片功能叶，将外层1～3片叶从基部5厘米处劈下上市。劈叶后5～7天内不宜浇水，防止伤口染病，同时适当提高温度，促进伤口愈合，加速生长。采收一般从12月份开始，15～25天采收一次，2月份后不再劈叶，待长大后整株采收上市。
芹菜在定植后50至60天、叶柄长度达40厘米后即可擗叶采收。采收由距植株基部5厘米左右处开始；擗叶不可过度，必须保留2至3片功能叶以便采收后不影响植株长势。为了使伤口迅速愈合，擗叶后不能立即浇水。一般元旦前擗取2至3片叶，春节前可采收第二次，春节后一直采收至全株拔起为止。每次擗叶后应提高棚温5℃左右，以促进伤口愈合和根系再生，5至7天后再恢复常温，并加强浇水和追肥，喷药防病虫。
由于芹菜播种期、栽培方式和品种不同，采收的要求也不一样。芹菜的采收时期可根据生长情况和市场价格而定，一般定植50~60天后，叶柄长达40厘米左右，新抽嫩薹在10厘米以下，即可收获。芹菜采收是要根据芹菜生长情况和市场需求，合理掌握采收时间。芹菜除地下老根外，全株皆可食用，生产上一般有两种方法：一种是当芹菜株高达到50～80厘米时整株铲起，洗去根部泥土，去除老叶、黄叶，捆扎上市；另一种是擗叶采收，在芹菜生长过程中，一般在株高40厘米左右时，从基部擗去外层1～3片叶柄上市。擗叶后加强肥水管理，使芹菜各叶片得以充分生长，可采收3～4次，后不用擗叶，待长大后整株采收，每次可增产20%。夏季芹菜为保证品质，可采收半成株。
西芹的采收也可分两种方法：一是在定植后90～120天，心叶直立向上，心部充实，外叶鲜绿色或黄绿色，此时应及时采收。收后将基部老根、老叶、黄叶去掉，并剪去上端10～20厘米长的叶尖部分，装入塑料袋内，1株1袋，保持产品鲜嫩、干净。二是分次采收，一般在定植后60天左右，株高50厘米时，分两次采收外叶上市，以每株两次共采收3～4片，然后经20～30天，一次性采收，整株装箱上市。
