西瓜枯萎病菌主要通过根部伤口或根毛顶端细胞间隙侵入,先在寄主管壁细胞间和细胞内生长,然后进入维管束,在导管内发育,病菌分泌果胶酶和纤维素酶,分解破坏细胞,使导管内积累果胶类物质,堵塞导管,影响水分运输,引起植株萎蔫。该病主要靠含菌土壤传播,重茬种植,土壤中病菌多,病株率可达70%左右,病残体及病粪,种子亦可传病。日照少,连阴雨天多降雨量大及土壤黏重,地势低洼,排水不良,管理粗放的连作地,西瓜根系发育欠佳发病重;此外氮肥过量,磷钾肥不足,施用未充分腐熟的带菌的有机肥,或土壤中含钙量高,地下害虫为害重均易诱发此病。病菌主要以菌丝、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机肥或土壤中越冬。在土壤中可存活6-10年。病菌可通过种子、肥料、土壤、浇水传播,以堆肥、沤肥传播为主要途径。病害发生与温湿度关系密切。病菌生长温度为5-35℃,土温24-30℃为病菌萌发和生长适宜温度。该病为土传病害,发病程度取决于土壤中可侵染菌量。一般连茬种植,地下害虫多,管理粗放,或土壤黏重、潮湿等病害发生严重。病菌从根顶端附近的细胞间隙侵入,边增殖边到达中心柱产生毒素,堵塞导管,破坏根组织,阻碍水分通过。连续降雨后,天气晴朗,气温迅速上升时,发病迅速。