病毒在病株和鳞茎中越冬，在田间主要依靠蚜虫以非持久性方式或汁液摩擦接种传毒。苗期高温、干旱、有翅蚜迁飞多，或附近有葱类蔬菜时，发病早、受害重。早春播种时间早则发病程度低，晚播则发病较重。低洼地种植和氮肥施用过多也会加重病情。病毒主要吸附在鳞茎上或随病残体在田间越冬，在有翅蚜虫盛发期发病较重。高温干旱、管理条件差、蚜量大、与葱属植物邻作的发病重。大葱苗期蓟马及蚜虫发生较重，定植复活后土壤干旱，7月份温度高，雨水偏少的年份均表现发病较重。
大葱锈病的发生喜欢低温高湿的气候条件，孢子萌发的最适合温度是9～18℃，潜伏期是10天。当气温在24℃以上时，发病受到影响。春、秋两季连阴多雨、气温较低时，发病严重。冬季温暖多湿有利于孢子的越冬，来年春季锈病严重。夏季低温多雨则秋季发病严重。田地肥力不足，植株生长不良也是发病严重的一个因素。
