西瓜根腐病主要浸染根及茎部,初呈现水浸状,茎缢缩不明显,病部腐烂处的维管束变褐,不向上发展,有别于枯萎病;后期病部往往变糟,留下丝状维管束。病株地土部初期症状不明显,后叶片中午萎蔫,早晚尚能恢复。严重的则多数不能恢复而枯死。拔出根茎部可见水浸状褐色病变,剖开病根胫腐烂部已变色,严重的仅留下丝状输导组织,茎蔓内维管束一般不变褐。西瓜定植后始见发病,发病初期晴天中午出现暂时性萎蔫,初期还能恢复;后终因不能恢复而枯死。瓜根腐病主要为害西瓜根和茎基部。西瓜播种后未出土即受害,造成烂种、烂芽。出土后瓜苗在子叶期受害,地上部分萎蔫,拔出病根可见根尖呈黄色或黄褐色腐烂,严重时蔓延至全根,致地上部枯死。移栽后植株发病,初呈水渍状,后呈浅褐至深褐色腐烂,病部不缢缩,其维管束变褐色,但不向上扩展,可与枯萎病相区别,后期病部组织破碎,仅留丝状维管束。