水稻恶苗病以预防为主。育苗前浸种时加入防治恶苗病的药剂，效果明显。常用药剂有恶苗灵、咪鲜胺、25%使百克、25%氰烯菌酯等，按说明书使用。
1.建立无病留种田：选用无病种子并进行消毒处理。发现病菌或病株应及时拔除，防止传播。留种田应单收、单打、单贮。
2.种子消毒处理：常用方法包括：
25％施保克(咪鲜胺)乳油25毫升，加0.15％天然芸薹素20毫升，加100升水混配，浸100千克水稻种子。温度10－15℃浸种7－5天；16－20℃浸4－3天；20－25℃浸3－2天，每天搅拌3次，取出直接催芽。
25％使百克乳油2000倍液浸种72小时，预防恶苗病、稻瘟病等。浸种水位应超出种子10厘米，每天搅拌3次。
3.拔除病株：发现病株应立即连根拔除，防止传播。
4.防止稻苗根部和种子受伤：育苗期防止缺水受旱，损伤稻根；拔秧前先灌水湿润；脱谷时注意脱谷机间隙和转速，避免种子颖壳受伤。
水稻恶苗病重在预防：播前用咪鲜胺、强氯精等浸种消毒；发生后拔除病株，用恶霉灵加咪鲜胺兑水喷雾防治并加强田间管理。
