耐药菌最主要的危害是给治疗带来困难。如果细菌对多种抗菌药耐药，甚至对大多数抗菌药都耐药，则可导致常用抗菌药治疗无效，造成病死率提高，显著延长病程和治疗时间，大幅增加医疗成本。动物源耐药菌的产生与传播，不仅会影响动物疾病的有效防治，还会影响人体健康和公共卫生安全。动物源耐药菌通过食源直接危害人类健康，抗生素类兽药的大量使用，抗生素进入畜禽体内后以原型或者代谢物形式排入环境，造成环境污染。另外，一旦感染"超级细菌"，动物或患者可能会出现严重的炎症反应，甚至引起死亡。细菌获得耐药性后，其致病性并不会增强，也不会产生新的感染类型。