整地时需起垄栽种，避免低洼种植，减少雨季田间积水。调理土壤可多使用有机肥、菌肥如奥土沃、奥农乐等，改善土壤通透性，保持疏松透气，避免根部呼吸受阻。日常田间浇水时可搭配微生物菌如枯草芽孢杆菌、哈茨木霉菌等，壮大有益菌群，改善根际土壤微环境。
百香果根腐病的防治措施包括：1、优质选种：挑选抗病无毒品种和无病苗圃不带病种苗，减少根腐病发生几率。发现带病苗木应及时处理，以防病毒带入种植区。2、果园管理：勤除杂草、及时修剪，保持果园通风透光，降低湿度和阴蔽程度。及时挖除已枯死的植株，将病菌带出果园焚烧或埋掉，减少二次污染。3、肥水管理：增施完全腐熟的农家肥和微生物菌肥根小子，少施氮肥，增强植株树势，提高抗病力。做好果园排水，及时排除积水，防止涝害。4、重茬种植的果园土壤中病菌积累较多，发病较重，农户应重视根腐病的危害，及时防治。
