头花蓼为湿中生性植物，喜阴湿生境。常生在草甸石上、水沟边，常绿阔叶林、常绿林中，稻田边，干旱山坡、田中，耕地，沟边石上、渠边，河边草丛、灌丛、林下石上、路旁、沙地、山坡、阴坡石上，河谷灌丛石上、路边、滩地，湖滩，荒地，林缘石上，林中，路边草丛、荒坡、山谷、湿地、湿石上、水沟，漂砾边，平地路边溪旁石上，墙边，渠边，沙滩，山谷河边、石上、疏林中、水边、田边石上，山脚，山坡草甸、林缘、林中、路边草丛、石缝、石上、水边、阴地，湿润地，石边、石缝，石灰岩墙缝、山坡，石坡，石墙边，石上苔藓中，水边草甸，水中，田边，铜矿露头地，溪边，杂木林中石上。