玉米丝黑穗病的发生程度与品种的抗病性、土壤中的病菌数量、环境条件有关。不同玉米品种在同一条件下发病率不同，表明品种间抗病性存在差异。玉米种植至出苗期间的土壤温湿度条件与发病关系密切，一般在土壤温度20℃左右、含水量20-40%时，玉米发芽生长迅速，约6-10天即可出苗，缩短了幼芽在土壤中的停留时间，减少了病菌感染机会，发病较轻。当土温在15℃左右、含水量低于20%时，不利于种子萌发和生长，出苗缓慢，延长了幼芽在土壤中的停留时间，增加了病菌感染机会，发病较重。
发病原因包括：1.土壤带菌，玉米连作导致土壤中存活大量玉米丝黑穗病菌；2.肥料带菌，用带菌秸秆饲喂牲畜或直接还田，使病菌进入田间；3.病株处理方法不当；4.春季低温干旱，延长出苗时间，增加病原菌侵染机会。此外，早播、播种过深、种植感病品种、连作地块土壤病菌数量大、春季低温干旱等因素也会加重病情。播种时覆土过厚、保墒不好的地块发病率显著高于覆土浅和保墒好的地块。玉米不同品种以及杂交种和自交系间的抗病性差异明显。
