从出苗到显蕾，要确保百合茎叶健壮生长。当苗高10厘米时，进行浅耕；苗高20厘米前培土，以防鳞茎露出地面。苗高20厘米后，不宜再中耕。中耕培土前，在行间施苗肥，亩施15公斤尿素或人粪尿液2000～3000公斤。最后一次追肥时，将稻草薄铺土面上，每亩用稻草400公斤以降低地温，保持湿度，防止雨水冲刷和杂草丛生。
从显蕾到开花结实，管理上要控制茎叶生长和过早开花结实，促使营养向地下部转移。当珠芽长到黄豆粒大时要抹除。如是生产商品用球，花蕾长到2厘米时，在晴天摘除；如植株徒长，及时摘去顶心，1株百合留1根茎杆，新长出的分蘖要及时摘掉。打顶去蘖后，如顶叶细小发黄，要追施肥料，每亩施尿素10公斤。
要注意防洪排涝。百合最怕水涝，应经常清沟排水，做到雨停土壤渍水干。春季百合发芽时应保留一壮芽，其余除去，以免引起鳞茎分裂。在小满前后，当苗高长至27-33厘米时，及时摘顶，控制地上部分生长，以集中养分促进地下鳞茎生长。对有珠芽的品种，如不打算用珠芽繁殖，应于芒种前后及时摘除，结合夏季摘花，以减少鳞茎养分消耗。最适时机是：当花蕾由直立转向低垂时，颜色由全青转为向阳面出现桃红色时，时间在6月份。
打顶后要控制施氮肥，以促进幼鳞茎迅速肥大。
