1.物理防治。及时清除田间杂草，减少越冬虫源；加强田间管理，浅水勤灌，降低田间湿度，避免深灌，可减少潜叶蝇落卵量，发生严重地块可排水晒田；培育壮苗，增强抗病虫能力；利用成虫喜蜜糖习性可在成虫始盛期至盛末期在稻苗床设置糖醋液诱杀成虫。
2.化学防治。秧苗带药下地，可在插秧前2～3天叶面喷施75%灭蝇胺可湿性粉剂15～20克/亩，1.8%阿维・吡虫啉可湿性粉剂25～40克/亩、2.5%溴氰菊酯乳油40～50毫升/亩等药剂提前预防，对潜叶蝇有很好的防效。玉米叶螨又被称为红蜘蛛，危害作物种类较多，主要以成螨和若螨刺吸寄主叶背组织汁液，被害作物叶片会由黄色变为白色并枯死，会严重影响玉米灌浆进程，导致产量减少。
3.药剂防治。水稻移栽前两天用70%吡虫啉或40%氧乐果喷雾。插秧后可根据苗上虫情调查，决定防治时期。用70%吡虫啉防治。在水稻插秧前1-2天，每100平方米苗床用70%吡虫啉水分散粒剂4-6g，兑水喷雾，带药插秧可有效防治本田中的潜叶蝇。本田潜叶蝇发生后，可用2.5%高效氟氯氢菊酯500-600毫升/公顷+毒死蜱48%乳油300毫升/公顷对水120升左右喷雾。
