选用抗病品种，建立无病留种基地，防止该病扩大。实行轮作，有条件的实行水旱轮作，此外也可与高粱、甘蔗、大豆等轮作。使用酵素菌沤制的堆肥。清除病薯、病苗，集中烧毁。栽前可用72%农用硫酸链霉素4000倍液浸苗10分钟，结合栽后泼浇，对前期发病有一定抑制作用。
甘薯瘟病的防治措施：(1)严格检疫，防止从疫区调入种薯。在非疫区一旦发现此病，要进行封锁，彻底控制及消灭。(2)加强栽培管理。选用抗病品种紫心等；与水稻轮作1～2年或与大豆、高粱轮作2～3年；收获后清除病残体，生长期及时拔除病苗、清除病薯并集中处理；施用腐熟的粪肥及酵素菌堆制的堆肥。(3)药剂防治。栽苗前可用72%的农用链霉素4000倍液或90%新植(链土)可溶性粉剂5000倍液浸苗10分钟，结合栽后泼浇，对前期发病有一定控制作用。
