导致香菇畸形的原因有许多，有的产生畸形菇的原因尚不清楚，通过实践经验总结有如下原因：(1)割袋不及时采用不脱袋出菇的栽培方法，容易因菇蕾产生后，割袋不及时，使菌袋压迫菇蕾，造成菇蕾畸形。(2)菌丝培养时间短，生理未成熟长菌龄的菌种，如L-241-4，菌丝生理成熟需180天以上，当菌龄不足、气温适宜时，容易长出畸形菇；短菌龄的菌株，当菌龄太短或基质含氮量过高，一直处于营养生长，菌被未正常转色，这种情况下气温适宜时，也容易长出畸形菇。(3)环境因素不适造成的在香菇原基分化的过程中，出菇场或二氧化碳浓度过高，或光线太弱，或空气相对湿度过高，或菇蕾产生后遇到菌袋压迫，或机械碰伤等也容易出现畸形菇。(4)菌株选用失误香菇菌株已生理成熟，在不适宜的季节环境下勉强出菇，常长出与种性不相符的子实体。有的菌株如原为椴木栽培菌株，适应在含氮量很低的椴木中出菇，在木屑、麦皮等含氮量高的培养基中造成生理障碍常出畸形菇。