成虫和幼虫均可危害植物。雌虫以产卵器刺伤寄主叶片，形成小白点，并在其中取食汁液和产卵。幼虫蛀食叶肉组织，形成带湿黑和干褐区域的蛇形白色斑；成虫产卵取食也造成伤斑。受害重的叶片表面布满白色的蛇形潜道及刻点，严重影响植株的发育和生长。
美洲斑潜蝇和南美斑潜蝇都以幼虫和成虫危害叶片。美洲斑潜蝇以幼虫取食叶片正面叶肉，形成先细后宽的蛇形弯曲或蛇形盘绕虫道，其内有交替排列整齐的黑色虫粪，老虫道后期呈棕色的干斑块区，一般1虫1道，1头老熟幼虫1天可潜食3cm左右。南美斑潜蝇的幼虫主要取食背面叶肉，多从主脉基部开始危害，形成弯曲较宽(1.5-2mm)的虫道，虫道沿叶脉伸展，但不受叶脉限制，可若干虫道连成一片形成取食斑，后期变枯黄。
两种斑潜蝇成虫危害基本相似，在叶片正面取食和产卵，刺伤叶片细胞，形成针尖大小的近圆形刺伤“孔”，造成危害。“孔”初期呈浅绿色，后变白，肉眼可见。幼虫和成虫的危害可导致幼苗全株死亡，造成缺苗断垄；成株受害，可加速叶片脱落，引起果实日灼，造成减产。幼虫和成虫通过取食还可传播病害，特别是传播某些病毒病，降低花卉观赏价值和叶菜类食用价值。
美洲斑潜蝇以幼虫潜入蚕豆叶片表皮下，取食绿色组织，潜食嫩荚及花梗，危害严重时，叶片组织几乎全部受害，叶片上布满蛀道，尤其植株基部叶片受害最重，甚至枯萎死亡。在生产上提倡花期到鼓粒期连续施药2-3次。选用的药剂有1.8%爱福丁乳剂2500-3000倍液，1.8%虫螨光2000-2500倍液，25%斑潜净乳油1000倍，2.5%阿巴丁乳油200倍喷雾防治，选择2-3种药剂，交替防治2-3次。
