预防芹菜菌核病可采取以下措施：
1.与非伞形花科蔬菜轮作2—3年，或与葱蒜类实行轮作；选择地势平坦不易积水的壤土地块栽培。
2.播种前对芹菜种子进行消毒处理，可用10%盐水洗种，再用清水反复洗种子几次，晾干后再播种。
3.施腐熟有机肥，增施磷钾肥。采用地膜覆盖或应用无滴棚膜。
4.保护地注意通风降湿，及时清除病株。棚室内湿度达到85%以上时，棚温可控制在22～25℃；如湿度不大，棚温可控制在芹菜生长最适宜的15～20℃温度范围内；棚内夜温不要超过15℃。棚室内杜绝大水漫灌，更不要造成畦内积水。棚内湿度大时要适当延长通气时间，加大通风量。
5.在发病初期及时喷药防治，隔7～8天喷1次，连续2～3次即可，药剂可选用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂1000～1500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂1000～1500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。棚室内每亩用10%烟剂腐霉利或45%百菌清烟剂250g，熏一夜。
