黄连喜生长在高山阴湿冷凉，透光度30％～40％的环境中，忌强光、高温、干燥和积水。适宜土层肥厚、排水良好的微酸性土壤（pH5.5~6.5），土壤湿度50％～60％最佳。黄连种子需经历胚后熟阶段，经低温才能发芽，苗期耐光能力差，但随苗龄增长，抗光能力增强。
黄连生长习性喜冷凉、湿润、荫蔽环境，忌高温、干旱，一般分布在1200~1800m的高山区，需要低温高湿的自然条件。黄连根浅，主要分布在5~10cm的土层中，适宜表土疏松、富含腐殖质的深厚土壤。在海拔1500~2300米间的高山寒湿林荫下，野生或有时栽培。