病原多以菌丝体在树上病叶或落地的病叶中越冬,也可在树枝上越冬。当春天气温回升到20℃以上,病叶经雨水湿润,产生大量子囊孢子,引起初侵染。柑橘黄斑病由子囊菌亚门球腔菌属的柑橘球腔菌侵染所致,其病原为柑橘球腔菌,属子囊菌门,子橐菌纲,座囊菌目。病菌生长适温为10–35℃,最适温度为20–25℃,对pH值的适应范围较广,pH值在4–9之间均能生长。冬季未清园的橘园越冬病原体多,来年暴发的可能性大,老病区和重病区潜藏的病源菌相对多,应作为防治的重点。同等栽培条件下,树龄越大发病越重,幼龄树、新树由于没有病原菌累积,通常发病较轻。雨水多、湿气重是柑橘脂点黄斑病发病的直接原因,病原菌经水气浸润膨胀,产生孢子,并随着风雨传播,因此5–8月是柑橘脂点黄斑病的高发期,也是需要重点防治的时期。