在辣椒菌核病发病初期及时施药防治,可用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、或50%速克灵可湿性粉剂1000倍液喷雾防治。防治方法包括:1、与禾本科作物实行3~5年轮作。2、铲除混在种子中的菌核,避免把菌核刺进苗床。3、深翻土地,覆盖地膜,防止菌核萌发出土。对已出土的子囊盘要及时铲除,严防蔓延。4、控制塑料大棚温、湿度,及时放风排湿,采用滴灌或暗灌的方式浇水,以降低棚内湿度。在气温较低时,特别是春季寒潮侵袭前,要及时覆膜,或在棚室四周盖草帘,避免植株受冻。5、发现病株及时拔除或剪去病枝,带到棚外集中烧毁或深埋。此外,进行土壤消毒,药剂拌种或温汤于地面用脚来回滚动100~150次,使药粉均匀粘附在种子表面后播种。对带菌种子也可用52℃温水浸种20分钟,把菌核烫死,后移入净水中冷却。