猪球虫病主要发生在七到十四日龄的乳猪,乳猪拉黄色粘稠粪便,消瘦、皮肤苍白、生长发育缓慢,最后慢慢死亡。断奶仔猪也会发生,成年猪为带虫者。发病后最常见的临床症状为糊状或水样腹泻(常被喻为蛋黄酱),但也可能没有任何症状。解剖之后发现回肠、小肠、空肠有出血斑,肠粘膜出血、糜烂和坏死的症状。刮取其粘膜进行检查,发现球虫卵囊。在粪便中用饱和盐水漂浮也能发现球虫卵囊。腹泻是本病主要的临床症状,粪便呈黄色到灰色。开始时粪便松软或呈糊状,随着病情加重粪便呈液状。仔猪粘满液状粪便,使其看起来很潮湿,并且会发出腐败乳汁样的酸臭味。