苗期发病始于茎基部，病部初期呈浅褐色水侵状，湿度大时，长出白色棉絮状菌丝，呈软腐状。成株期发病，先从主茎基部或侧枝处开始，初期呈淡褐色水侵状病斑，稍凹陷，渐变灰白色，湿度大时也长出白絮状菌丝，皮层霉烂，在病茎表面及髓部形成黑色的菌核。叶片受害先呈水侵状，后变为褐色圆斑，有时具轮纹，病部长出白色菌丝，干燥后斑面易破裂。
辣椒疮痂病又名细菌性斑点病，主要危害叶片、茎蔓、果实。叶片染病后初期出现许多圆形或不规则状的黑绿色至黄褐色斑点，有时出现轮纹，叶背面稍隆起，水泡状，正面稍有内凹。茎蔓染病后病斑呈不规则条斑或斑块。果实染病后出现圆形或长圆形墨绿色病斑，直径0.5厘米左右，边缘略隆起，表面粗糙，引起烂果。
