甜瓜的病害主要有甜瓜猝倒病、甜瓜茎腐病、甜瓜青枯病、甜瓜软腐病、甜瓜霜霉病、甜瓜白粉病以及甜瓜蔓枯病。其中甜瓜猝倒病多在低温多湿环境中发生，主要发生在甜瓜苗期，病情严重时会使幼苗萎焉死亡，其病菌能够在土壤中长期生存，会通过灌溉流水等介质进行传播。其他常见病害包括枯萎病、疫病、炭疽病、叶枯病、细菌性叶斑病、病毒病、菌核病、角斑病、黑斑病、灰霉病、根结线虫病等。这些病害有的危害叶片，有的危害茎蔓，有的危害花蒂，也有的危害果实，如不及时进行有效防治，将会严重影响甜瓜的产量和品质。
甜瓜的主要虫害有瓜守、瓜蚜、红蜘蛛、种蝇、小地老虎、瓜野螟、蜗牛、蛞蝓、瓜蓟马、蚜虫、白粉虱、菜青虫、斑潜蝇等。
