葵花菌核病的防治措施包括：实行轮作，避免与豆科、茄科等作物轮作，可与禾本科作物轮作，种植地中还与前作向日葵地保持一定距离。选用抗病品种，增施磷钾肥提高抗病性，适期晚播，播种期延至5月下旬，使开花期错开雨季。通过深翻将菌核埋入土层7厘米以下，减轻烂头病发生。生育期拔掉发病株，烧毁或深埋；收获后病株残体拣出烧掉。种子处理可用60℃热水浸种10~20分钟，或用50%菌核净按种子重量的0.5%药量拌种。花期喷药可用50%菌核净500倍液喷雾或50%速克灵、50%乙烯菌核利800~1000倍液，在盛花后期连喷2~3次，间隔7天喷1次。