大蒜的主要病害有叶枯病、紫斑病、细菌性软腐病、大蒜菌核病、疫霉根腐病、疫病等；主要虫害有蒜蛆、韭菜迟眼蕈蚊（韭蛆）、蓟马等。
对于枯叶病，可使用70%百菌清可湿性粉剂500-600倍稀释喷雾，7-10天一次，连续使用2-3次即可。白腐病在发病初期使用50%多菌灵可湿性粉剂500倍稀释喷雾，10天一次，需连续使用2次。锈病则使用15%粉锈宁可湿性粉剂500倍稀释喷雾，10-15天一次，连续使用2-3次即可。
加强田间管理，增施肥料，合理密植，排除积水，增强植株抗病能力。收获后烧毁病株，及时清除被害叶和花梗。发病初期喷洒75%百菌清湿性粉剂600倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、60%琥·乙磷铝可湿性粉剂500倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，隔7-10天1次，连续防治3-4次。
