建立无病留种田,选栽抗病品种,避免种植感病品种。加强栽培管理,催芽不宜过长,拔秧要尽可能避免损根,不插隔夜秧、老龄秧、深泥秧、烈日秧和冷水浸的秧。清除病残体,及时拔除病株并销毁,病稻草收获后作燃料或沤制堆肥。选用高产抗病品种和无病种子,改人工拔秧移栽为小苗带土移栽。实行轮作倒茬,杜绝带病残体入田,发现病株及时拔除并集中烧毁或深埋。种子处理是防治水稻恶苗病的有效方法,可用25%施宝克5000倍液、浸种灵4000倍液、健秧宝4000倍液或25%辉丰百克4000倍液等浸种,浸种60小时后不必淘洗,即可催芽播种,防效均在95%以上。水稻恶苗病应在浸种时期进行防治,用氰烯菌酯浸种,干籽完化技术最好用亮盾。