纹枯病防治适期在分蘖末期至抽穗期，以孕穗至始穗期防治为最好。要加强田间调查，根据发病时期进行防治。防治方法包括打涝菌核以减少菌源，施足基肥，早施追肥，避免偏施、迟施氮肥，增施磷钾肥。用水要贯彻前浅、中晒、后湿润的原则。市场上防治纹枯病的杀菌农药很多，如己唑醇、井冈·己唑醇、井冈·蜡芽菌、戊唑醇等对水稻纹枯病的防治效果都很突出。
在水稻分蘖盛期即水稻封行前（纹枯病暂未发病或发病初期），每亩用10%己唑醇40毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水20—30公斤，或在水稻分蘖末期即水稻封行后（纹枯病进入快速扩展期），每亩用10%己唑醇55毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水30—40公斤，趁早晨露水未干时粗雾喷于水稻下部，可有效预防、控制水稻纹枯病的发生。
