棉黄叶枯萎病初期症状在植株下部叶片上显现，叶缘和叶脉间出现浅黄色斑块，随后逐渐扩展，叶色失绿变浅，主脉及其四周仍保持绿色，病叶出现掌状斑驳，叶肉变厚，叶缘向上卷曲。叶片由下而上逐渐脱落，仅剩顶部少数小叶，蕾铃稀少，棉铃提前开裂。后期病株基部生出细小新枝，发病严重时，整张叶片枯焦破碎，只留叶脉呈鸡爪状叶痕，叶片最终萎蔫、下垂、脱落成光秆。
根据病菌致病力强弱，主要划分为三种类型：落叶型（光秆型）表现为病株叶片叶脉间或叶缘处突然褪绿萎蔫，叶片由浅黄色迅速变为黄褐色，主茎顶梢侧枝顶端变褐枯死，病铃、苞叶变褐干枯，蕾、花、铃大量脱落，仅10天左右病株成为光秆，纵剖病茎维管束变成黄褐色，严重时可延续到植株顶部。枯斑型（掌状枯斑型）表现为叶片局部枯斑或掌状枯斑，枯死后脱落。黄斑型则表现为叶片出现黄色斑块，后扩展为掌状黄条斑，叶片不脱落。
