番茄病毒病的防治应采取以农业为主的综合措施。首先，根据当地主要毒源选择抗病品种。其次，实行无病毒种子栽培，播种前用清水浸种3-4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸40-50分钟，捞出后用清水冲净后催芽播种，或用0.1%高锰酸钾浸种30分钟。发病初期，可使用20%盐酸吗啉胍乙酸铜可湿性粉剂500倍液、浩瀚高科2%氨基寡糖素水剂300倍液、1.5%植病灵乳剂1000倍液、3氮唑核苷(32%核苷溴吗啉胍)水剂500倍液、2%宁南霉素水剂150-250倍液、5%菌毒清水剂300-500倍液等杀菌农药剂喷雾，每隔5-7天喷1次，连续喷2-3次。同时，加强病虫害防治，特别是烟粉虱和白粉虱的防治，因为它们作为病毒的主要传播媒介，需要及时有效控制。