南瓜病毒病在田间操作中，如整枝打杈、掐尖、授粉等，可通过接触摩擦传播。危害症状表现为三种类型：花叶型、皱缩型和蕨叶型。花叶型叶片呈黄绿相间的花叶，部分凸起形成鼓包，植株矮化，果实小且畸形，表面有小疙瘩。皱缩型叶片发黄，植株节间缩短、矮化，顶端皱缩，导致干枯死亡。蕨叶型叶片和部分茎蔓呈鸡爪状细条，停止生长。
防治措施应从种子采收开始，坚持在无病毒病的健康植株上采种，避免种子带毒。播种前，可对种子进行三天70℃干热消毒，或用10%磷酸三钠溶液浸种20分钟，清水冲洗后催芽播种。增加磷钾肥施用量，使植株生长健壮。清除瓜地及其周围的杂草，消灭病毒的中间寄主。田间操作时，避免踩踏植株叶片和茎蔓。整枝打杈时，将枝杈从基部折断，避免用手接触留下的茎蔓。高温干旱天气，加强对蚜虫的防治。
药剂防治：发病初期用20%盐酸吗啉胍600倍液或2%香菇多糖800倍液等加高氮靓丰素600倍液喷雾防治，如有蚜虫，加入70%吡虫啉7000倍液喷雾杀虫。病毒病会危害南瓜的叶片、果实，可采用盐酸吗啉胍喷雾防治；如果出现叶斑病或霜菌病，可选用甲霜灵、供森锰锌等药剂进行防治。
