小麦黑粉病有三种：小麦散黑穗病、小麦腥黑穗病和小麦秆黑粉病。小麦黑粉病在全国各麦区均有发生，是危害小麦的主要病害之一。
小麦散黑穗病危害麦穗，最初病穗外包一层灰白色薄膜，转而充满黑粉，后来薄膜破裂，黑粉随风吹散，仅剩枝梗和穗轴。黑粉吹到正在开花的小麦柱头上，侵入子房。这时，被感染的小麦结出的带菌与正常种子无区别。播种后，随着种子发芽生长，菌丝萌动进入生长点，分布全株，第二年小麦抽穗时形成黑穗。带病种子是唯一的初侵染来源。
小麦腥黑穗病穗部被害，颖片稍张开，露出病粒。病粒比健全粒稍粗短，外有一层果皮，内部充满黑粉，有鱼腥味，故称腥黑穗病。成熟时，颖片转为灰绿色，最后变枯白色。病株比健株略矮，分蘖增多。脱粒时果皮破裂，黑粉散出，附在种子表面或随病残体混入土中或肥料内。病菌在小麦幼芽期从芽鞘侵入。
小麦秆黑粉病病株矮小，分蘖增多，实在叶鞘，叶片及茎秆上呈现灰白色条状病斑，稍隆起，斑内充满黑粉，后表皮破裂，散出黑粉，叶片卷缩、干枯。病株不抽穗或抽小穗而不结实，或结细小而皱缩的种子。病菌附在健康种子表面、土壤或肥料中。小麦播种后，病菌从萌发的幼芽鞘侵入。小麦幼苗期即开始发病，拔节期以后症状逐渐明显，至抽穗期仍有发生。发病部位主要在小麦的秆、叶和叶鞘上，极少数发生在颖或种子上。茎秆、叶片和叶鞘上的病斑初为淡灰色条纹，逐渐隆起，转深灰色，最后寄主表皮破裂，露出黑粉，即病菌的厚垣孢子。病株显著矮小，分蘖增多，病叶卷曲，重病株不能抽穗而枯死。有些病株虽能抽穗，但常卷曲于顶叶叶鞘内，即使完全抽出，多不结实，少数结实的籽粒也秕瘦。轻病珠只有部分分蘖发病，其余分蘖仍能正常抽穗结实。
