香菇病虫害主要有:香菇绿霉病、蛛网丝枝霉病、褐腐病、畸形菇、双线嗜黏蛞蝓、兰氏布伦螨、草菇折翅菌蚊、短角跳虫、平菇厉眼蕈蚊、闽菇迟眼蕈蚊、中华新蕈蚊、食菌瘿蚊、韭菜迟眼蕈蚊、小菌蚊等。常见的病虫害有菌丝培养阶段的竞争性杂菌,如菌袋感染链孢酶、青霉、黄曲霉、木酶等;菌丝或鲜子实体受到白蚁、线虫、蛞蝓,干菇储藏期的谷蛾、谷盗等侵害。香菇畸形病是由于出菇期间环境条件不适宜或因栽培管理不善而使香菇子实体不能正常发育的病症。主要表现有菌盖异形、菌盖有缺口、盖缘呈波浪形、盖缘内卷或呈钟罩形、盖上生角状或须状和小盖等附属物、菌柄膨大成纺锤形、没有菌盖或菌盖极小、子实体相互联合等。香菇的主要病虫害疫病、黑腐病、黄曲霉、木霉病等。