选用抗病品种，如中国南方稻区的广二104，选271，汕优36，扬稻3号，滇粳40号等。中国北方稻区有京稻选1号，沈农514，丰锦，辽粳10号等发病轻。避免病田留种，深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。改进施肥技术，基肥要足，慎用穗肥，采用配方施肥。浅水勤灌，后期见干见湿。
水稻稻曲病的发病因素：气候条件是影响稻曲病菌发育和侵染的重要因素。稻曲病菌在温度为24～32℃均能发育，以26～28℃最为适宜，34℃以上不能生长。同时，稻曲病菌的子囊孢子和分生孢子均借风雨侵入花器，因此影响稻曲病菌发育和侵染的气候因素以降雨为主。在水稻抽穗花期雨日、雨量偏多，田间湿度大，日照少一般发病较重。品种方面，一般晚熟品种比早熟品种发病重；秆矮、穗大、叶片较宽而角度小，耐肥抗倒伏和适宜密植的品种，有利于稻曲病的发生。栽培管理粗放，密度过大，灌水过深，排水不良，尤其在水稻颖花分泌期至始穗期，稻株生长茂盛，若氮肥施用过多，造成水稻贪青晚熟，剑叶含氮量偏多，会加重病情的发展，病穗病粒亦相应增多。病菌侵染始于花粉母细胞减数分裂期之后和花粉母细胞充实期，而花粉母细胞充实期前后这段时间是侵染的重要时期。
关键在早期预防，于水稻破口前5一7天，可选用：43%好力克，30%爱苗，18%多菌酮粉剂，30%琥胶肥酸铜，20%噻菌铜，50%绿享6号，12.5%井.蜡芽。75%肟菌.戊唑醇，300克/升苯甲.丙环唑，己唑醇，噻呋酰胺，腈苯唑，氟环唑等。可以选抗病品种，一般在破口抽穗前5-7天，用防稻曲病的药剂，如已唑醇，戍唑醇，苯甲醚菊脂，氟环唑等预防为主。遇雨隔10天左右再预防一次。
