玉米丝黑穗病是典型的土传病害,病菌可以在土壤中存活3年。玉米连作时间长及早播玉米发病较重,沙壤地发病轻。旱地土地情况好的发病轻,土地情况差的发病重。玉米丝黑穗病的病原菌为玉米丝轴黑粉菌,属于担子菌亚门,冬孢菌纲,黑粉菌目,轴黑粉菌属。丝黑穗病病菌主要为害玉米的雄穗和雌穗,形成菌瘿。一旦发病全株没有产量。病菌以孢子在土壤中越冬,条件适宜时,玉米萌芽三到五叶受侵染,花芽开始分化时,菌丝蔓逗到花蕾原始体,进而发病。在种植感病寄主和土壤有足够菌量时,播种后至幼苗4-5叶期土壤的温湿度成为病菌侵染多少的决定因素,因此春播、早播、土壤偏干和冷凉山区发病重。品种抗性有明显差异。长期连作感病品种,由于增加土壤菌量,可加重病害的流行。