加强检疫，不用病区的种子，发现病种应在当地销毁，严禁外销。选用优良早熟品种，怀疑种子有带菌可能的，用40%福尔马林150倍液浸种30分钟后，用清水冲净浸泡6～8小时，再催芽播种。对福尔马林敏感的品种，可用50℃温水浸种20分钟，再催芽播种。
与非葫芦科作物进行3年以上轮作，施用酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟有机肥，采用塑料膜双层覆盖等栽培措施。加强管理，采用温室或火炕无病土育苗，幼果期适当多浇水，果实进入膨大期及成瓜后宜少浇或不浇，争取在高温雨季到来前采收完毕，避过发病期。
发病重的田块或地区，在进入雨季时，掌握在发病前开始喷洒30%碱式硫酸铜悬浮剂400～500倍液或47%加瑞农可湿性粉剂800倍液、56%靠山水分散微颗粒剂600～800倍液、50%琥胶肥酸铜(DT)杀菌剂500倍液、77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍液、30%氧氯化铜悬浮剂800倍液，每667m2喷对好的药液60升，隔10天左右1次，防治2～3次。采收前3天停止用药。发病初期开始喷洒30%绿得保悬浮剂400倍液或25%络氨铜水剂500倍液、47%加瑞农可湿性粉剂800倍液，隔7天左右1次，连续防治2～3次。
定植前施足充分腐熟的有机肥，生长期一般不要追施速效氮肥，苗期及时松土、锄草，促进根系发育，甩蔓后及时压蔓、盘蔓。浇水宜少不宜多，雨后及时排水。与瓜类作物实行3年以上轮作，注意选择高燥地块或采用高畦栽培，收获后及时清洁田园，发现病瓜及时摘除，集中深埋。
西瓜果斑病是国家检疫对象，从疫区调运种子必须经过检疫。育苗前用梧宁霉素200液浸泡10分钟，可杀死表面病菌。西瓜果斑病防治，选用抗病品种，使用无病种子，清除病残体，倒茬轮作，使用包衣种子，发病初期用农用链霉素等农药喷施防治。
