莲藕常见病虫害包括蚜虫、斜纹夜蛾和刺蛾等，主要危害立叶和花蕾。莲缢管蚜全年均有发生，以若虫和成虫群集于叶芽、花蕾及叶背处吸取汁液为害。水蛆（稻根叶甲或食根金花虫）的幼虫危害莲藕茎节，吸吮汁液，导致荷叶枯死，成虫则啃食荷叶。当前，除南方薯区外，全国大部地区已完成育苗播种和春薯田整地作垄备栽，今年多数省份甘薯育苗质量、数量好于去年，但受早春气象不稳影响。
莲藕黑斑病又称褐纹病，仅发生在叶片上，严重时病斑汇合，叶片枯黄。防治方法包括冬季田间彻底清除病残叶并集中烧毁，发病初期摘除病叶，并喷药防治。常用药剂有70%甲基托布津1000倍液等。