芝麻的主要病害有茎点枯病、枯萎病、青枯病、立枯病、疫病、病毒病、叶斑病等。主要害虫有小地老虎、蚜虫、甜菜夜蛾、芝麻天蛾、盲蝽等。这些病虫害对芝麻的生长和产量造成严重影响，其中茎点枯病、枯萎病和病毒病以及叶斑病为害最重，造成大量死苗、萎蔫至死亡和植株早衰、落叶。
芝麻的病虫害防治方法包括种子处理，能有效杀死种子表面病菌，对防治芝麻病害特别是苗期病害效果明显。剂拌种可采用40%多菌灵种子量0.3%，70%甲基托布津种子量0.1%，试验证明采用12.5%特普唑、2.5%适乐。
芝麻种植要点包括适时播种，一般在每年的5-7月份进行，最晚不能超过7月20号。种植方法是在土壤中起垄施肥，然后撒播芝麻种子。科学施肥是每隔1-2个月施加一次有机肥以及复合肥。合理浇水是苗期控水，盛花期可以使土壤维持湿润。
花生和芝麻套种时的病虫害防治等同一般大田清种。芝麻的病害主要有立枯病、炭疽病和白粉病，发生时可用多菌灵、托布津，代森锰锌农药防治。害虫主要有地老虎、蚜虫、夜蛾等，发生时可用毒死蝉、吡虫啉农药防治。
