辣椒的病害包括青枯病、疫病、白粉病、病毒病、斑病、疮痂病和霜霉病等。青枯病导致茎干枯萎，疫病引起腐烂，白粉病使叶子枯黄脱落。虫害主要有烟青虫、白粉虱、茶黄螨、蚜虫和螟虫类，这些害虫会吸取植株汁液。
白斑病发病初期，可使用75%百菌清可湿性粉剂600倍液、77%可杀得可湿性粉剂400-500倍液、80%新万生可湿性粉剂800倍液或50%混杀硫悬浮剂500倍液进行防治。每隔10天喷1次，连续防治2-3次，采收前7天停药。病菌可在土壤中病残体或种子上越冬，翌年温湿度适宜时产生分生孢子进行初侵染，孢子通过风雨传播进行再侵染。温暖潮湿、阴雨天及结露持续时间长是发病的重要条件，土壤肥力不足、植株生长衰弱时发病较重。
