缺钙的番茄顶芽和茎端会变软并下垂；叶片出现棕色叶脉，果实顶端有棕褐色斑点，继而溃烂，称为“脐腐病”。这种情况常因施磷、钾肥过多诱发，导致果实未成熟时末端腐烂。番茄缺钙需补充中微肥，苗生财水溶性中微肥含钙、锌、硅、硼等多种元素，可有效补充番茄必需的微量元素，调节养分均衡吸收，促进根、茎、叶健康生长，提高果实品质和防病害能力。
番茄缺钙时，幼叶发黄，植株瘦弱、萎蔫，顶端生长点坏死。幼果脐部发生腐烂，即脐腐病。最初表现为脐部出现水浸状病斑，逐渐扩大，致使果实顶部凹陷、变褐。病斑通常直径1-2厘米，严重时扩展到小半个果实。干燥时病部为革质，潮湿时表面生出黑色、白色或粉红色霉层。多在第1、2穗果实上发病，这些果实往往长不大，发硬，提早变红。
番茄白粉病可危害叶片、叶柄、茎及果实。危害叶片初期为褪绿小点，后扩大为不规则粉斑，叶表面有白色絮状物。叶柄、茎及果实被侵染时产生白色粉状霉层。番茄缺钙容易导致生理性病害，如脐腐病，病部位多为番茄的脐部，发病后出现水渍状的暗绿色病斑，若田间湿度过大，发病部位多会被霉菌入侵，表面覆盖灰白色霉层。
番茄缺钙除了脐腐病外，叶片、根茎、花蕾等也会出现不同症状。植株缺钙后，顶部嫩叶出现褪绿、黄化、弯曲、生长减缓等。花量减少，容易掉蕾。根部出现坏死、畸形等问题。缺钙初期，心叶边缘发黄皱缩，严重时心叶枯死。植株中部叶片形成大块黑褐色斑块，其后全株叶片翻卷，呈现淡黄色。果实脐部出现水渍状浅黄褐色至暗绿褐色病斑，表面凹凸不平，病部组织坏死（即脐腐病）。果实膨大成熟期间，钙供应不足还会出现裂果，导致着色不良，形成绿背果、筋腐果、茶色果。
番茄缺钙症状表现为植株萎缩，幼芽变小、黄化，严重时生长点坏死，距生长点较近的小叶周围褐变，部分枯死，果实产生脐腐病，根系发育不良，呈褐色。
