加强检疫应特别注意不从病区调种，并选用抗病品种。药剂防治可在玉米吐丝盛期进行，重点喷洒果穗。每亩用25%粉锈宁可湿性粉剂100克兑水50-75公斤喷雾，一般连喷2次，间隔7-10天。
在弄清玉米圆斑病发生与流行规律的基础上，应采取以种植抗病品种和加强栽培管理为主，适当配合药剂防治的综合防治措施。种植抗病品种是防治病害最经济有效的方法，各玉米品种间对玉米圆斑病的抗病性差异较大。栽培防病措施包括延后育苗，培育壮苗，适时晚播，错过发病高峰期；搞好田园卫生，冬季深翻土地，有条件的地方可以采用水旱轮作；及时摘除病叶，减少再侵染菌源；高起垄，降低田间湿度；增施磷、钾肥，加强田间管理，增强植株抗病力。
药剂防治方法包括在玉米吐丝盛期，向果穗上喷洒25%粉锈宁可湿性粉剂500～600倍液或50%多菌灵、70%代森锰锌可湿性粉剂400～500倍液，隔7～10天1次，连续防治2次。
