甜瓜枯萎病是一种典型的土传真菌病害，主要症状是植株萎蔫。这种病害在整个生育期均可发生，但在开花坐果期最为严重，常常导致瓜秧枯萎死亡。
苗期发病时，幼苗茎基部变褐缢缩，下部分叶片变黄猝倒而死，幼嫩组织变淡褐色。成株期发病初期，叶片由基部向顶部逐渐萎蔫，特别是在晴天中午更为明显，傍晚逐渐恢复，但在数日后，瓜秧叶片会萎蔫下垂，病株茎基部表现矮缩，表皮粗糙、纵裂。严重时，出现“半边枯”现象。
病株根部褐色腐烂，茎基部常纵裂，维管束变为褐色。在潮湿环境下，病部呈水渍状腐烂，产生白色或粉色霉层。瓜根易从土壤中拔起，须根很少，皮层与木质部易剥离，根的维管束变褐。轻病株通常不枯死，仅表现矮化症状。
这种病害在田间常成条或成片发生，严重时会造成全田大片瓜秧枯死。苗期感病通常是种子带菌，而成株感病则是受土中枯萎病真菌感染。感染初期，叶片从后向前逐渐萎蔫，中午十分明显，3-6天后整株叶片枯萎下垂，无法复原。
