主要为害茎蔓、叶片和果实。茎基部染病，初生水渍状斑，后扩展成淡褐色，造成茎基软腐或纵裂，病部表面生出白色棉絮状菌丝体。叶片染病，叶面上现灰色至灰褐色湿腐状大斑，病斑边缘与健部分界不明显，湿度大时斑面上现絮状白霉，终致叶片腐烂。果实染病，初现水浸状斑，扩大后呈湿腐状，其表现密生白色棉絮状菌丝体，发病后期病部表面现数量不等的黑色鼠粪状菌核。
番茄菌核病病害症状，本病主要为害保护地的番茄果实，叶片和茎也被害。果实被害多从果柄开始向果实蔓延。病部灰白色至淡黄色，斑面长出白色菌丝及黑色菌核，病果软腐。茎部染病，灰白色，稍凹陷，后期表皮纵裂，病斑大小、形状、长短不等，边缘水渍状，表面和病茎内均生有白色菌丝及黑色菌核。叶片多从叶缘开始，初呈水浸状，暗绿色，无一定形病斑，潮湿时长出白霉，后期叶片灰褐色枯死。
