抓住用药适期。坚持“主动出击，积极预防”的策略，以油菜生育指标为依据，掌握在油菜主茎开花株率95%以上时首次用药防治，早达标的田块早用药，迟达标的田块迟用药。一次施药后5-7天及时用好第二遍。防治菌核病：首先，做好排水，降低田间湿度，使植株生长势增强；第二，合理使用氮肥，增施磷钾肥，提高抗病力；第三，在发病初期，用50%的多菌灵可湿性粉剂500倍喷雾防治，连防二次。
选用无病种子。可在接近黄熟时，在田间选取无病健株，单打单贮，留作种用。种子播种前要先筛去粗大菌粒，后用波美1.03~1.10度的食盐水(即5千克水加食盐0.5~0.75千克)，除去上浮的枇粒和菌核，将沉入下部的种子洗净，即可催芽或播种。
轮作或做好排灌工作。最好实行水早轮作制度，早地应与禾本科作物大面积轮作，轮作年限应在2年以上。加强田间管理，对地势较低，排水不良的地块，整成窄畦，开沟排水，天旱时实行沟灌，避免漫灌。清除脚叶，集中处理，以减少病源。在终花期，摘除病、老、黄叶，切断再侵染途径，使株间通风透光。油菜脱粒后，集中烧毁茎秆和残渣。
选栽抗病良种，应避免过早播种。药剂防治。在油菜生长的开花期，当叶发病率在10%以上，茎发病率在1%以下时开始喷药，用药1~3次，每次间隔7~10天。常用药剂：40%的纹枯利可湿性粉剂800~1000倍液喷雾；70%的甲基托布津可湿性粉剂1000~1500倍液；65%的代森锌可湿性粉剂400~600倍液；50%的异菌脉可湿性粉剂500~1000倍液。使用以上药物时应注意集中喷施于植株的中下部。
油菜菌核病防治：清洁田园，减少菌源数量。适当调整播种时期，使油菜初花期推迟，花期集中，有效控制菌核病的发生。水旱轮作；深翻土地；选用抗病品种；合理密植；控制田间湿度；初花期选喷咪鲜胺、菌核净、腐霉·多菌灵。发病初可选用50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、50%甲基硫菌灵500倍液等药剂喷雾防治。
