洋葱灰霉病主要为害叶片和鳞茎，发病初在叶上生白色斑点，椭圆或近圆形，初期为白色至浅灰褐色，多由叶尖向下发展，逐渐连成片，后斑点逐渐扩大，相互融合成椭圆形大斑，使葱叶卷曲枯死。湿度大时，在枯叶上生出大量灰霉。叶鞘和鳞茎颈部感染时发生淡褐色病斑，内部组织腐烂，潮湿时长灰色霉。贮藏期间在鳞茎顶及肩部出现干枯稍凹陷的病斑，变软，淡褐色，鳞片间有灰白色霉。后期产生黑褐色小菌核。
在田间发病，主要危害叶鞘、花梗及鳞茎颈部形成淡褐色的病斑，内部腐烂，潮湿时病部长满灰色粉状霉。若在叶尖发病，先为白色椭圆或近圆形斑，直径1-3毫米，病斑不断扩大，能连成片而使叶卷曲枯死，湿度大时可发生灰霉。在花薹和小花上的病症，与叶尖发病相同。贮藏期发病，先在颈部或肩部出现稍凹陷的病斑，而后变软、呈淡褐色，鳞片间有硬色霉层，后期产生黑褐色小菌核。