大豆灰斑病主要危害成株期叶片，也可侵染茎、荚及种子。植株和部分豆荚被感染后，均形成病斑。成株叶片病斑呈圆形、椭圆形或不规则形，大部分呈灰褐色，也有灰色或赤褐色，病斑周围暗褐色，与健全组织分界明显。茎杆上病斑为圆形或纺锤形，灰色，边缘黑褐色。豆荚上、种皮上和子叶上也能形成病斑。带菌种子长出的幼苗和子叶片出现圆形或半圆形深褐色凹陷斑，气候干燥时，病斑扩展缓慢。当气候适宜、低温多雨时，病斑可蔓延至生长点，使幼苗枯死。
成株叶片染病后，初现褪绿色小圆斑，逐渐发展成为中间灰色至灰褐色，四周褐色的蛙眼状斑，大小1-5毫米，有的病斑椭圆形或不规则形。潮湿时，叶片背面病斑中央生出密集的灰色霉层，为该病菌的分生孢子，发病重时，病斑布满整个叶片，病斑融合，导致叶片枯死脱落。茎部染病后产生纺锤形或椭圆形病斑，中央褐色，边缘红褐色或黑色，中部稍凹陷，后又变成淡灰色，从皮孔中又长出分生孢子梗和分生孢子，使病斑处密布小黑点。荚斑圆形或椭圆形，边缘红褐色，中央灰色，因荚上多毛，不易看到霉层。豆粒上病斑与叶斑相似，多为圆形蛙眼状，也有的呈现不规则形，边缘暗褐色，中央灰白，轻病粒上仅产生褐色小点。
