农业防治和药剂防治是控制苦瓜病毒病的两种主要方法。农业防治通过种植手段从源头扼杀病毒，而药剂防治则依赖农药手段。苦瓜病毒病在植株的各生育期均可发生。幼苗染病时，叶片皱缩，生长点畸形，发育缓慢，严重时未到移栽期便坏死萎蔫。大苗染病后，地上部幼嫩部位症状明显，叶片变小、皱缩，节间缩短，植株矮化，常表现为花叶，通常不结瓜或结瓜少。中后期染病，植株中上部叶片皱缩，叶色浓淡不均，嫩梢畸形，结瓜小或扭曲，瓜条上可能出现不规则凹陷坏死斑，病株往往提早枯死。
发病原因主要是病菌通过雨水溅射传播，高温高湿天气易导致病害流行，连作、地势低洼、偏施氮肥的地块发病严重。苦瓜病毒病由黄瓜花叶病毒和西瓜花叶病毒单独或复合侵染引起，从症状出现到全株枯黄萎缩仅需15～20天，蔓延迅速。该病主要侵害植株叶片和生长点，分为花叶病毒病和黄化皱缩病毒病两种。花叶病毒病最为常见，叶片呈现黄绿相间的花斑，叶面凹凸不平，新生叶畸形、硬化，蔓顶端节间缩短。黄化皱缩型症状表现为新生叶狭长、皱缩、硬化和扭曲，病株花发育不良，难以坐瓜，即使坐瓜也多为畸形、硬化，表面斑驳。
病毒病危害幼苗和刚开花结瓜的植株，导致生长点萎缩，叶片卷曲，植株逐渐枯萎死亡。当叶片开始卷曲时，应连续喷洒2-3次600倍植物病毒疫苗水溶液，或800倍病毒A水溶液，或600倍植物助壮素水溶液进行防治，每7-10天喷洒一次。发病率高的地块，产量骤减甚至绝收，给生产带来巨大损失。
