丝瓜种植病害主要有病毒病、霜霉病、疫病、蔓枯病、叶枯病、青枯病、溃疡病、灰霉病、叶斑病、细菌疫病、白粉病等。虫害有蚜虫、蓟马、螨虫、粉虱、蜘蛛、青虫、斑潜蝇、线虫等。病毒病通常在嫩叶上发生，严重时会导致叶片扭曲变形。发病初期建议喷洒5%菌毒清水剂500倍液，病害严重时直接拔除。霜霉病多因湿度大、通风不良导致，发病初期可喷洒58%雷多米尔或75%百菌清。疫病发病初期应喷洒80%大生600倍液，每周一次，连续两三次。
丝瓜病害还包括枯萎病、绵疫病、白粉病等。虫害有瓜绢螟、蚜虫、潜叶蝇、蓟马、飞虱等。防治病毒病可在苗期喷施0.136%碧护可湿性粉剂（1500倍液）和氨基酸海藻肥以壮苗，增强植株抗性；发病初期喷洒5%氨基寡糖素（800倍液），发现病株后及时拔除。丝瓜还需注意防治根腐病、褐斑病、灰霉病、炭疽病、蓟马、斑潜蝇、红蜘蛛、斜纹夜蛾、蚜虫等病虫害。
其他病害包括猝倒病、炭疽病、绵腐病、果腐病、白斑病、细菌性角斑病、轮纹斑病等。蔓枯病主要危害丝瓜茎蔓，也可危害叶片和果实。茎蔓上病斑呈椭圆形至梭形，边缘褐色、中部灰褐色，有时病部溢出琥珀色树脂状胶质物，最终导致茎蔓枯死。蔬菜施肥需遵循合理原则，避免浪费或危害作物。
