辣椒病毒病会导致植株矮化、叶片出现斑点，可使用千红、特福力进行喷雾防治。疫病对植株形成危害，可使用百泰或施得益等药剂进行喷雾防治。辣椒的病虫害主要有病毒病、疫病、灰霉病、炭疽病、立枯病、菌核病、朱砂螨、白粉虱、蚜虫、烟青虫和地下虫（蝼蛄、蛴螬）等。灰霉类病害由湿度大、长时间阴雨天引发，植株长满灰色霉层，病果失水僵化留在枝头或脱落。常见的病害还有黄萎病、绵疫病、青枯病、疮痂病、软腐病，常见的虫害有茶黄螨、大地老虎、甜菜夜蛾等。
在预防病虫害时，需保持根茎发达，定植前应以调配营养、囤苗、控水、促深根为工作重点，以利于育成壮苗，减少病害发生率。辣椒青枯病的防治方法包括选用抗病品种、调整土壤酸碱度、实行轮作、及时拔除并烧毁病株、在穴内撒施石灰粉。辣椒疫病的防治方法包括用农药灌根、在6月中下旬辣椒开花盛期挂果期进行灌根、使用25%早霜灵或58%早霜灵锰锌500倍液灌根，每穴灌0.3—0.4斤效果最佳。
